专业孵化器除了实现项目孵化的公益功能外，还具有资源筛选和优化配置的功能。在市场经济的环境中，“看不见的手”总会不自觉地引导专业孵化器向兼营实业经营和资本运作的高级形态发展。 
　　近年来，为促进科技成果转化，国内许多地方都设立了专业孵化器。所谓专业孵化器，是由政府、国有企业、社会出资设立，以扶持实验室科技成果项目、初创企业、小企业成长为目的，以优惠价格提供场地租赁、信息配套、管理支持等服务的事业法人或企业。对专业孵化器的盈利模式、组织工程设计、财务管理等重大问题进行分析，有利于加深认识、规范行为，寻求专业孵化器的发展方向。
　　专业孵化器盈利模式
　　由于专业孵化器是培育新的经济主体、促进经济发展的半公益性机构，多数专业孵化器由政府或国有企业出资。这些专业孵化器在所追求的运营目标上分成两大类别：一类是纯公益性的事业单位，通过政府出资培育新企业，以求通过就业和税收的增长来获得间接经济利益；另一类是适当追求直接经济利益的企业单位，通过为入孵项目提供服务获取服务收入、通过对入孵项目进行扶持取得股份后获得资本出让收益或红利收益。在市场经济条件下，专业孵化器所追求的运营目标应该是“适当盈利”，其盈利方式主要有以下几种：
　　基础服务收入由专业孵化器向入孵项目提供基础服务所获取的收入，如场地租赁收入、网络服务收入、管理费收入、餐饮收入、运输收入等，这类收入是目前众多专业孵化器的主要收入来源之一。但从理论上讲，因基础服务的附加价值很低、增长空间有限、对入孵项目的扶持需要等因素，这类收入不应该成为主要收入。
　　政府拨款收入由于专业孵化器的半公益性特征，其可定期得到政府或上级单位的拨款，用于专业孵化器的日常开销和人力开支。这类收入是专业孵化器的另一项主要收入来源，稳定、低风险，但可实现效益的空间很小，只有靠管理截流来相应增加最终效益。
　　税收优惠及财政返还收入专业孵化器一般都能获得地方财政按入孵项目纳税贡献的一定比例给予返还收入、自身房产税返还收入、自身所得税优惠以及差额租金补贴等税收优惠及财政补贴收入。目前由于入孵项目的不成熟性，纳税规模一般不大，专业孵化器实际获得的这项财政返还收入一般比重不高。但从理论上讲，如果专业孵化器能从经营管理、资金上全面支持入孵项目，促使入孵项目迅速成长，则该类收入可稳步增长，并且没有增长上限。
　　扶持收益有些专业孵化器可以获得入孵项目的干股，即通过输入管理和服务而使项目成长到一定程度后可获得项目的股份。待入孵项目毕业顺利转化后，可获取两种形式的资本收益：一是通过长期持股获取项目公司的红利收益，二是通过出让股份获取资本利得。
　　投资收益如果专业孵化器内部的风险投资基金或风险投资公司建立起来，可有选择地对优秀的入孵项目进行风险投资，并加以管理控制和扶持，待项目孵化成功后采取产业嫁接、ＭＢＯ、ＩＰＯ等方式获益。有若干具有产业相关性的项目孵化成功，可不必退出而将其进行整合，将专业孵化器自身打造成持有某产业集团的控股公司。
　　其他收益可积极开拓新的收入来源，如寻找冷僻厂房改造成专业孵化器，在获得孵化效益的同时获得房产增值收益，与其他园区合作获取物业托管收入等。
　　专业孵化器组织工程设计
　　由以上分析可知，作为一个专业孵化器，其内部必须具备以下功能：
　　项目开发包括租赁招商、通讯网络建设、交通、餐饮等基础服务功能，这些功能是专业孵化器最原始的功能。
　　项目扶持向项目公司提供融资服务、财税服务、管理咨询、孵化专项资金扶持、资本投资、信息与资源嫁接等增值服务。
　　公共关系为了向入孵项目提供优质服务，专业孵化器必须积极开拓和维护与金融界、地方政府、财政、税务、工商、重点行业的优秀企业等各方面的关系。
　　自身拓展为了自身的不断发展，专业孵化器要不断寻找新场地、开发新业务、创新服务模式，使自身发展成为同一品牌引领下的连锁经营专业孵化器，以错位经营的模式来获取不同地理位置的区位优势，但这些自身拓展的业务应该和自身发展战略相紧密结合，不可无序发展、盲目求大。
　　平台功能平台功能即专业孵化器自身的财务、行政、人力资源、品牌宣传等。专业孵化器因其自身业务比较简单，可按照职能设计“无遗漏、无重叠”和机构精简的原则设置组织架构，业务发展后再做适当分拆。
　　专业孵化器财务管理
　　由于没有供应链，专业孵化器财务管理的特征中基础财务管理职能相对一般的实业公司而言比较单薄，但其具有一个鲜明的特征：专项孵化资金的投融资管理、风险管理以及对孵化项目的财务辅导。这一特征决定了专业孵化器财务管理的特性，具体包括以下方面：
　　基础职能主要包括会计核算管理、预算及费用控制、资产管理三方面内容。会计核算管理即按照会计制度的规定合理核算经济事项，按要求提供会计信息，不断降低会计成本。预算及费用控制即按照既定预算监督企业运行和控制费用发生，对各项收支的实际情况和预算的偏差进行动态跟踪，及时采取措施纠正不利偏差，不断增收节支，提高经济效益，要求预算编制必须按照企业的实际情况进行，保证预算的科学性和可行性。资产管理指通过管理保证营运资金和其他资产的安全性、无闲置性，对于孵化器而言，尤其要关注的是商务楼宇的出租率、优惠政策实现率以及它们之间的动态关系。
　　资金筹集专业孵化器主要的融资渠道有四个：一是政府资金：包括政府专项拨款、财政补贴、税收优惠及返还等。二是社会资金：积极开拓社会关系，吸收产业资本和风险资本投入。三是银行资金：在扩张时期通过不动产抵押方式进行长期借贷融资。四是内部积累：通过租赁收入、服务收入、技术转移收入、对项目公司的股份转让收入、红利收入、资产溢价收入等形式的收入不断增加，实现企业的利润积累。
　　资金运用资金筹集描述的是一个广义的融资概念，在这个概念下融到的所有资金除了专业孵化器自身的日常开支以外，其余的所有资金都应积累进专项孵化基金，使其不断扩大。对孵化基金应采取风险投资模式管理：一是有选择性地对入孵项目提供资金扶持，但约定以项目技术的一定比例知识产权作为回报，项目孵化成功后可直接出售知识产权获利，或以知识产权入股组建公司；二是有选择性地以风险资本投入小公司，培育长大后退出；三是有选择性地扶持小公司的专项技术，约定以一定比例的知识产权或项目技术新增收入分成作为回报；四是专业孵化器自身的固定资产扩张投资；五是在专业孵化器运营过程中不断创新投资模式和回报模式。孵化专项资金既然按企业化运作，一般而言所有的投出必须要追求回报，只不过由于要兼顾专业孵化器的社会效益和税收、就业等间接经济利益，对投资和回报的要求应该比正规的风险投资低一些。
　　财务辅导可采取统一培训、个别答疑、巡回辅导、业务代理、重点诊断等方式对入孵项目进行财务辅导。为提升服务能级，专业孵化器应专门设立多种形式的辅导窗口，财务辅导的需求由窗口处理。
　　专业孵化器发展远景
　　通过对项目的孵化，合理追求产业化，最终将专业孵化器自身打造成具有孵化基地、风险投资、商务服务等多种功能的企业集团，是专业孵化器发展的高级形态。从专业孵化器的发展轨迹来看，可将专业孵化器的发展过程分为初创期、发展期、实业经营和资本运作期三个阶段，其中第一、第二阶段是目前几乎所有专业孵化器所处的阶段，第三阶段的目标实现尚有相当长的路要走，其中必然涉及到是否允许专业孵化器从事实业经营和资本运作的制度框架和专业孵化器自身资本积累、人才积累、社会资源积累的问题，以及国内多层次资本市场的建设问题。
　　然而，有一点毫无疑问，专业孵化器除了实现项目孵化的公益功能外，还具有资源筛选和优化配置的功能。在市场经济的环境中，“看不见的手”总会不自觉地引导专业孵化器向兼营实业经营和资本运作的高级形态发展。