随着国家自主创新战略的实施和建设创新型国家目标的提出，特别是温家宝总理提出国家高新区“四位一体”的发展定位以来，全国高新区发展步伐进一步加快，“二次创业”也进入深化阶段。但新时期国家高新区的发展也面临着一些困惑：2008年新《企业所得税法》的施行，标志着区域税收优惠政策已被产业税收优惠政策取代，国家高新区内企业所独享的税收优惠政策宣告终结；不断加强的土地宏观调控政策、陆续出台的建设用地管理措施，使本就受制于发展空间的高新区土地资源压力进一步加剧；高新区发展不平衡所潜藏的各种问题开始突显，产业结构调整、体制优势再造等任务日益艰巨。高新区发展再次迎来新的关键节点。如何准确把握政策调整，理清发展思路，找寻最佳发展路径，探求新的发展方向，赋予高新区新的生命力，成为高新区人最为关注的焦点。
　　高新区不同于其他“经济特区”
　　国家高新区是“特区”，是一个拥有特殊优惠政策的区域，是一个肩负着特殊历史使命的区域，是一个营造特殊环境的区域，是一个有着特殊发展速度的区域。但它不是通常人们理解的“经济特区”，而是“创新特区”；不仅是地方经济发展的增长点、增长极，而且是创新聚变堆。
　　为什么这么说？首先是由国家高新区的历史使命决定的。国家高新区的历史使命是“发展高科技，实现产业化”。在新的历史时期，国家高新区已成为一种国家战略，是国家创新体系建设的重要载体，是国家实施自主创新战略的重要力量，其使命就是温家宝总理提出的“四位一体”新定位，“努力成为促进技术进步和增强自主创新能力的重要载体，成为带动区域经济结构调整和经济增长方式转变的强大引擎，成为高新技术企业‘走出去’参与国际竞争的服务平台，成为抢占世界高技术产业制高点的前沿阵地”。所以，国家高新区要在提高自主创新能力、建设创新型国家进程中承担起历史的使命，它不能是“经济特区”，而应是“创新特区”，这也是区别于其他经济区域的最显著的特征。
　　其次，原子理论告诉我们，当两个轻原子核结合成一个较重的原子核时，就会释放出巨大能量。我们称这种结合为聚变，放出的能量称为聚变能。在人工控制下使聚变释放出极大能量的装置，称为聚变反应堆或聚变堆。国家高新区的发展就是从聚集到聚变的过程，聚集各种创新要素和创新资源，赋予它们良好的催化条件，使之发生聚变作用，最终迸发出巨大的创新能量，形成具有蓬勃朝气的创新群体，产生强大的创新能力。所以，国家高新区就是创新的聚变反应堆，通过人工控制，使各种创新要素诱发不同于物理混合的化学变化，释放出各种资源有机配合的巨大能量。
　　国家高新区新的生命力不是单纯地依靠招商引资进行企业集中，也不是简单地依靠扩区进行传统资源的整合，更不是主动承接发达国家制造业的转移。国家高新区的使命和特征决定了高新区新的生命力就是创新，持续不断的创新，优化创新环境，聚集创新要素，培育创新动力，推动产业链和研发链有机结合成创新链，实现产业集群由低成本型向创新型转变，快速完成聚变反应，最终形成聚变经济新形态——创新集群。
　　增强要素、资源的聚集力度
　　创新要素包括人才、资金、技术，而人才是第一要素。“一次创业”土地是资本，“二次创业”创新是资本，而人才是创新成败的关键所在。要打造人才高峰，必须坚持在创新实践中发现人才，在创新活动中培育人才，在创新事业中凝聚人才，不但为高端人才提供良好的创新创业环境，而且要提供高品质的生活链。
　　创新资源包括大学、研发机构、有核心技术的高成长性企业、科技中介机构等。
　　必须把聚集创新要素和创新资源作为高新区建设的首要任务，务求在吸引国内外著名的研究型大学、研究机构等方面取得重大突破；在集聚高层次、创新型人才尤其是研究型团队方面取得重大进展；在发展风险投资机构、科技中介服务机构等方面取得重大成效，引进国内重点科研院所和重点大学的研发机构，跨国公司和国内著名企业及其研发机构，各类新技术、新产品开发中心，拥有自主知识产权的规模企业及其重点高科技成果转化项目，国内外著名的技术认证、技术服务、技术支持等中介服务机构等，努力将高新区打造成各类要素的首选之地。
　　建立创新动力机制
　　创新要素和创新资源聚集之后，需要通过创新动力机制进行有效整合，实现资源配置优化。创新动力机制包括观念重塑机制、创新激励机制、环境优化机制、产学研合作机制。
　　观念重塑机制，指高新区人必须增强国家高新区的使命感和责任感，必须强化国家战略意识，必须突破思想的保守性、思维的陈旧性、思路的局限性，敢想敢干、敢闯敢试、敢为人先，用新观念、新思维研究新情况，用新举措、新办法解决新问题，使创新成为高新区上下的自觉行动和永恒主题，不断激发高新区的创新活力。
　　创新激励机制，指高新区必须建立鼓励创新的激励政策。有效的创新激励机制，必将使园区始终保持创新的动力和活力。激励机制恰如一块“电磁铁”，通过对创新主体、创新个体产生“磁场”——实施恰当的精神奖励、物质奖励，能够牢牢地“吸引”个体和主体向高新区期望的目标靠近，使高新区的企业和研发人员积极地投身于自主创新活动。在当前政策空间相对有限的情况下，可以借鉴学习上海浦东新区和天津滨海新区在推进国家综合配套改革试点过程中推出的一系列促进高新区及企业发展的政策措施。
　　环境优化机制，指高新区应着力营造各种科技创新要素——引得进、留得住、发展好的环境，形成局部强势，这是高新区快速发展的保证，也是高新区成为“创新特区”的保证。创新环境主要包括产业环境、服务环境、金融环境、人文环境等内容。要以最优良的产业环境激励企业发展，以最优质的服务环境推动企业创新，以最优惠的金融环境吸纳创新机构与人才，以最和谐的人文环境形成共享、共创、共赢的创新文化氛围。
　　产学研合作机制，就是积极探索和推行符合市场经济要求的产学研联合机制和组织形式，创新合作方式，提高合作层次，着力形成产学研共同体，力求在技术转移、委托开发、联合创办经济实体等方面取得新突破，形成各类主体协同互动的发展局面。这是创新活动的“絮凝剂”和“驱动力”，不是各种科技资源的简单集聚和堆积，而是一种顺应经济社会和科学技术发展需要的新型社会组织形式，是一种科技与经济结合，大学之间、研究机构之间、企业之间以及三者之间的互动关系，是建筑在一定利益关系之上的共享兼容、分工协作的体制、机制以及开放式、网络化的组织结构。
　　高新区是有效整合各类资源的引导者、组织者、实施者，首先要建立公共技术平台，为产学研结合提供载体。其次要建立产学研人才互动模式，形成人才良性互动的体系，组建企业高校相结合的技术创新中心，使企业和高校的人才实行“紧密型”结合；建立俱乐部制的技术创新中心，形成“准紧密型”的人才结合模式；高校优秀技术人才进入企业,形成“松散型”人才流动模式。第三，要鼓励企业通过委托开发、联合开发、共建研发机构、创办经济实体等各种形式，与大学、科研院所、专业技术服务企业建立技术合作联盟，开展联合创新，形成人才、技术、项目的创新联动。第四，要支持产业链关联企业的集群研发创新活动，鼓励建立基于核心技术组成产业联盟和技术联盟。
　　十几年来，从科技部到各省区市政府集中了有限的资源向国家高新区倾斜，有效地推动了国家高新区的环境优化和产业发展。在新时期，要不断赋予高新区新的生命力，除了高新区自身要建立和完善创新动力机制外，各级政府同样要赋予高新区新的生命力，要真正将国家高新区作为“创新特区”来对待，给予特殊关注和支持。通过立法赋予高新区以法律地位；通过国家各类创新计划重点向国家高新区内的研发机构、高新技术企业、中介机构、产学研联盟倾斜，聚集创新资源；通过各类创新基金和产业化资金重点投入高新区内技术转移专项、创业投资基金及公共服务机构平台的建设，优化创新环境；通过地方政府实施高新区聚焦战略，集成各类创新要素，支持高新区自主创新；通过政策扶持和高新区内生增长机制的建立，大力促进国家高新区的可持续发展。