近年来，南京高新区以争创区域科技创新中心为目标，持续深化体制机制改革，有效促进了高质量发展。2021年前三季度，南京高新园区申报高新技术企业近6000家，占南京市的比重超过80%；科技型中小企业入库数超过1.2万家，超额完成全年目标，占南京市比重约86%。企业研发费用、高技术制造业产值、高技术服务业营业收入，占南京市比重均约80%。南京高新区已成为南京市企业科技创新的主阵地。

　　在体制改革方面，“一体化”推进“去行政化”体制改革。南京高新区按照“企业化管理、市场化运作、专业化服务”的理念，全面开展“去行政化”改革。同时，依据自身实际设计绩效薪酬考核体系，明确刚性淘汰率，薪酬管理由“铁工资”向“活薪酬”转变。园区管理机构按需设岗、动态优化，大幅压缩管理层级，实行全员竞聘上岗，淡化人员身份，实现干部人事管理由“身份管理”向“岗位管理”转变。

　　作为南京开展创新工作的“先手棋”，目前该市新型研发机构已累计备案组建超352家，并全部落户南京高新区；作为全新的体制架构和运营模式，新型研发机构采用混合所有制形式组建，人才团队持大股、政府性基金和平台等多方参与，组成了全新股权架构，形成了以项目化、企业化形式落地，引入职业经理人作为机构“合伙人”的新运营模式。为了大力培育高水平、高标准新型研发机构，引导其面向产业现实需求，突破关键核心技术，推动科技成果转化为生产力，通过产业、技术、学科的联动实践，推动新的理论探索和研究深化。与此同时，新型研发机构不仅是研发实体，而且是科技企业孵化器。目前，新型研发机构孵化科技型企业超过6000家，使得这些企业更加聚焦高新技术产业，实现了从“0”到“1”再到“N”的产业化裂变。

　　在产业发展方面，南京高新区积极推动八大产业链高质量发展。目前，南京高新区15个高新园区的主导产业占各个园区规模的60%以上，形成了一园主导、产业链协同和多园竞合等多种布局模式，而且实行“一条产业链，一位市领导，一个工作专班，一位专班负责人”的“链长”工作推进制。

　　南京高新区还积极推动各园区新产业布局，南京高新区（总部）积极筹建未来产业促进中心的同时与各园区积极协商确定未来产业的定位，在新的产业赛道上提前布局。

　　在校地融合发展方面，南京高新区大力推进“巷·港·湾”校地融合发展，引导高校通过共建城市硅巷、大学科技园、创新湾区等多种方式参与建设。例如，玄武园、鼓楼园、秦淮园等与驻区高校共同推进城市硅巷建设，盘活主城空间资源，激发创新活力。东南大学与江北新区合作共建东南大学江北新区国际创新港，主要推动集成电路设计自动化。